Эукариотами являются животные, растения, грибы и протисты. Протисты используются для получения антибиотиков (стрептомицин, грамицидин, тетрациклин). Клетки животных имеют множество различных применений: пчелиный яд от аллергии и рака, рыбий жир используется как источник жирных кислот. Растения: валериана лекарственная - успокоительное, облепиха и календула - противовоспалительные и заживляющие, василек - противоотёчные.
Грибы так же используются для получения антибиотиков и различных выжимок: белый гриб (антиб. герценин) от стенокардии, масленок лиственничный (настой) от головных болей, дрожжи так же имеют широкий спектр медицинского применения.