Почти немедленно по вступлении на престол император Александр приступил к реформе Сената, сознавая всю необходимость положить конец тому унизительному положению, до которого было доведено верховное учреждение империи. 5 июня 1801 г. был издан именной указ, которым Сенат приглашался составить доклад о правах своих и обязанностях. Указ этот, в котором ясно было выражено намерение императора поднять значение Сената, произвёл сильнейшее впечатление не только на Сенат, но и на образованную публику вообще. В ответ на указ было представлено несколько проектов всеподданнейшего доклада, написанных с необыкновенным одушевлением (гр. Завадовским, Державиным, Воронцовым) и выражавших стремление Сената вернуть то значение, которым он пользовался при Петре I и Елизавете. Сенат принял проект гр. Завадовского. По представлении его государю началось подробное обсуждение реформ Сената как в «Негласном комитете» , так и в учреждённом 30 марта (11 апреля) 1801 года Государственном совете (точнее, «Непременном совете») . Результатом всех этих совещаний явился именной указ 8 сентября 1802 г. о правах и обязанностях Сената. Указ этот является последним законодательным актом, систематически определяющим как самую организацию Сената, так и его отношение к другим высшим учреждениям. Несмотря на то, что указ 8 сентября 1802 г. явился результатом серьёзного стремления императора и приближённых к нему лиц поднять значение Сената, он не вносил в организацию его и в его отношения к другим учреждениям почти ничего нового: он только восстановлял в памяти забытые и фактически уничтоженные Павлом права Екатерининского Сената, то есть Сената уже умалённого в первоначальном достоинстве. Нововведениями были только следующие правила: в случае протеста ген. -прокурора против определения Сената дело докладывалось государю не одним ген. -прокурором, но при депутации от Сената; Сенату было дозволено, если он усмотрит важные неудобства в существующих законах, представлять о том государю. Одновременно с указом о Сенате был издан манифест об учреждении министерств, причём было постановлено, что ежегодные отчёты министров представляются в Сенат для доклада государю. В силу целого ряда условий эти вновь дарованные Сенату права не могли сколько-нибудь поднять его значение. По составу своему Сенат остался собранием далеко не первых сановников империи. Непосредственных сношений Сената с верховною властью не было создано, и это предопределило характер отношений Сената к Государственному совету, министрам и Комитету министров. В области дел административных в С. произошла с 1802 г. наиболее сложная перемена. В 1802 г. при учреждении министров они были поставлены над коллегиями. Хотя манифест 1802 г. об учреждении министерств оставлял в большинстве случаев вопрос об отношении С. к министерствам открытым, но так как отношения С. к коллегиям уже более или менее определились, то первоначально взаимные отношения министров и С. , по-видимому, не вызывали затруднений. Когда было обнаружено, что совместное существование коллегий и министров ведет к серьезным неудобствам, и когда вследствие этого с 1803 г. начинается постепенное закрытие коллегий и преобразование их в департаменты министерств, отношения С. к министерствам сделались совершенно неясными, и из неясности этой всю выгоду извлекли министры. Фактически прекращается представление министрами в С. ежегодных отчетов; те дела, которые прежде восходили в С. , рассматриваются комитетом министров. В области административных дел компетенция комитета почти слилась с компетенцией С... .
Дел чисто исполнительного характера в С. осталось весьма немного, и в большинстве случаев они мало возвышают значение С. Участие Сената в делах судебных принимает различные формы в зависимости от того, поступило ли данное дело из судебного места старого или нового устройства.