Третий сёгунат и политика «изоляции»
После того, как умер Тоётоми Хидэёси, на престол взошел Токугава Иэясу. В 1600 году, при помощи аристократии, он победил в битве при Сэкигахара род Тоётоми и в течение дальнейших 15 лет уничтожил этот род. В 1603 году император дал Иэясу титул сёгуна и создал новый сёгунат в городе Эдо.
Период существования данного правительства самураев принято называть эпохой Эдо (1603—1867).
Япония 17-19 век
Во время главентсва сёгуната Япония являлась федерацией. Четвертью территории государства владел род сёгунов Токугава, а остальной частью — триста провинциальных владык даймё. Даймё разбивались на классы «родичей», «старинных вассалов» и «новых вассалов», в соответствии со степенью подчиненности сёгуну. Они владели личными независимыми уделами ханы, площадь которых устанавливало столичное руководство. Для предупреждения мятежей правительство урезало политические возможности подданных «Законами военных домов», кроме того уменьшало богатства их владений необходимыми поездками в резиденцию правительства в Эдо. Сёгунат также забрал все земельные наделы дома императора, поручившись содержать их за свои средства.
Иэясу
В первой половине 17 столетия правительство Японии было заинтересовано во взаимодействии с государствами Европы и остановило гонения христиан. Пытаясь развить межгосударственную торговлю и получить от нее большую часть выгоды, сёгунат в 1604 году сделал необходимым лицензирование японских кораблей, отбывавших за рубеж в Юго-Восточную Азию. Вместе с тем, борьба в Японии протестантских Голландии и Англии с одной стороны и католических Португалии и Испании с другой, угрожала втянуть Японию в войну этих стран. Из-за этого Япония начала проводить политику по ограничению связей с Европой и её колониями, позже названную сакоку.
В 1614 году сёгунат наложил запрет на христианство, считая, что это средство зарубежного воздействия. Тысячи японских христиан были подвергнуты гонениям, а отъезд за границу, где была возможность принять крещёние, был невозможным. По этой причине в 1637 году некоторые крестьяне и самураи острова Кюсю, которые исповедовали христианство, устроили мятеж в Симабаре. Сёгунат в течение года усмирил восставших, и в 1639 году, чтобы полностью ликвидировать христианство, издал указ, запрещающий американским и европейским кораблям прибывать в Японию. Поблажки давались Голландии, суда которой, оказавшие помощь в подавлении восстания, получили исключительную возможность торговать на искусственном острове Дэдзима в Нагасаки.