На ум приходят сразу две империи.
Римская империя (столицы Рим и Византий (Константинополь)),фактически она раскололась на Западную и Восточную.
Российская империя (Столицы: Москва и Петербург (особенно в 18 веке столица часто "кочевала" из первого во второй город и наоборот).