Шляпочные грибы образуют плодовое тело, а плесневые - нет.
Шляпочные грибы живут на богатой перегноем лесной почве, на полях и лугах, а плесневые чаще на увлажненных продуктах, плодах и овощах, на животных и растительных остатках.
В отличие от шляпочных грибов, в мицелии плесневых нельзя заметить отдельных клеток.