28 июня 1858 года Шокан Уалиханов начал свою вторую экспедицию. У него был караван из 43 мужчин, 101 верблюд и 65 лошадей. Караван прибыл в Кашгар в начале октября 1868 года. В течении своего путешествия он собрал много материала о традициях и обычаях людей в местах, которые они посетили.
Он вернулся в родной степной регион, потому что сильно заболел весной 1861 года. Он умер 10 апреля 1865 в возрасте 29 лет. Его работы по-прежнему популярны.