Биологический мониторинг тесно связан с экологическим. Он направлен на выявление и оценку антропогенных изменений, связанных с изменением биоты, биологических систем, на оценку состояния этих систем. Состояние биологических систем при осуществлении
экологического мониторинга может быть определено путем оценки соответствия данного биогеоценоза критерию "хорошего" биогеоценоза. При этом должна быть произведена оценка:
- продукции всех основных звеньев трофической цепи;
- соответствия высокой продуктивности высокой продукции (определяющего компенсаторную активность биологических систем);
- стабильности структуры и разнородности отдельных трофических уровней;
- скорости протекания обмена веществ и энергии в экосистеме, характеризующей возможность биологического самоочищения системы.
В системе экологического мониторинга в качестве деления показателей условий среды и их влияния на биологические системы могут использоваться определения численности отдельных видов и их состояния. С.С. Шварц считает подходящими в качестве конкретных показателей условий среды содержание химических веществ в различных тканях организмов на разных уровнях трофических цепей, скорость роста деревьев, энергию фотосинтеза, микробиологическую активность почв, рост лишайников, развитие различных гидробионтов. Эти данные могут быть дополнены данными по изменению структуры биогеоценозов, их пространственным и функциональным взаимоотношениям. Особое значение имеет анализ биоценотического гомеостаза при упрощении отдельных трофических связей.
Описанный подход составляет основу биологического мониторинга (в рамках экологического). Большинство авторов [7, 15, 19, 31] считает, что биологический мониторинг включает наблюдения за факторами воздействия, но главное внимание в биологическом мониторинге должно уделяться наблюдениям за биологическими последствиями, откликами, реакциями биологических систем на внешние воздействия, на изменения состояния природной среды.