Поросшие лесом низменности, равнины и болота расположены вдоль побережья Центральной Америки. Регион пересекают реки и горные хребты. Большую часть Центральной Америки занимают средневысотные горы, входящие в горную систему Кордильер (Южная Сьерра-Мадре, Сьерра-Мадре-де-Чьяпас и др.). Преобладают сильно раздробленные горные массивы, прорезанные глубокими ущельями рек, иногда с участками сглаженных плоскогорий, чередующиеся с тектоническими впадинами. От границы Мексики, где поднимается наиболее высокая вершина Центральной Америки — вулкан Тахумулько (высота 4217 м), до Западной Панамы с тихоокеанской стороны к ним причленяется Вулканический хребет с множеством действующих вулканов, в том числе возникших в историческое время (Санта-Мария, Атитлан, Санта-Ана, Косигуина, Поас, Ирасу и др.). Крупные низменности находятся лишь на севере — аккумулятивные Табаско и Москитовый берег (Москития) и полуостров Юкатан, сложенный преимущественно известняками с широким развитием карстовых процессов и форм.
Климат в регионе жаркий и влажный, температура редко опускается ниже 24 °C. На побережье климат жарче, а в горах и на плоскогорьях - прохладнее. С июня по сентябрь в некоторых областях выпадает более 300 мм осадков в месяц.
Центральная Америка лежит в тропическом (до впадины Республика Никарагуа) и субэкваториальном климатических поясах. В связи с положением в низких широтах (7—22° с. ш.) она получает много солнечного тепла (радиационный баланс, свыше 80 ккал/см² в год, 1 ккал = 4,19 кДж) и имеет высокие температуры в течение всего года (средняя температура самого холодного месяца на низменностях от 22—24 °С на севере до 26 °С на юге, самого тёплого 26—28 °С; в горах на высоте 1000—2000 м на 5—8 °С ниже). На северо-восточных, наветренных (по отношению к пассатам с Мексиканского залива и Карибского моря) склонах — постоянно влажный климат, осадков выпадает от 1500—2000 мм в год на севере до 3000 мм (местами до 7000 мм) на юге. На подветренных тихоокеанских склонах осадки связаны с летними циклонами на севере и экваториальными муссонами на юге, зима обычно сухая, за год выпадает 1000—1800 мм осадков. Внутренние котловины и параллельный пассатам низменный северо-западе полуострова Юкатан получают менее 500 мм осадков в год. На юге Центральной Америки экспозиционные различия стираются и на тихоокеанском склоне зимний сухой сезон выражен слабо.