Да, отличаются. В агроценозе отсутствует конкуренция (все контролирует человек). Если в естественном биогеоценозе выживание организма зависит только от него самого, то в агроценозе даже слабое растение способно выжить. Способ питания также отличается. В естественной среде происходит круговорот энергии, а в агроценозе из-за нарушения этого круговорота приходится использовать удобрения.