Если кратко, то происходит изменение химического состава почв, изменение pH (фактора кислотности -основности) почв. Отсюда изменение условий среды обитания микрофлоры и почв и ее (микрофлоры) вымирание. Исчезновение микрофлоры почвы - деградация самой почвы