Василий III спешно занимался закреплением победы над Псковом, которая была одержана мирным путем. Первым делом он занялся устранением из города своих потенциальных врагов. В течение суток все бояре, которые оставались в Пскове, были отправлены за его пределы. Зажиточные купцы вместе со своими семьями также были направлены в Москву. Из центральной территории Пскова выселили всех псковичей. Кром и Довмонтова крепость были предоставлены в полное распоряжение Василия и церкви. Псковских бояр заменили на московских дворян.
В Псков переселили примерно три сотни московских купцов. Их поселили в Средний город, предоставили им в пользование те земли, которые были отобраны у бояр. Таким образом, в верхушке псковской общественности состояли дворяне и купцы, переселенные из московских земель.
Система управления также потерпела изменений. Управлением Пскова теперь занимались пара наместников из боярской знати Москвы. В их компетенции было ведение административных, судебных и военных дел. В пригороды направляли одного наместника. Дьяки, которых тоже присылали из Москвы, помогали наместникам в выполнении своих обязанностей.
Известную Псковскую судную грамоту заменили другой, которую предоставил Василий III. На земле Пскова внедрили московскую налоговую систему, которая тяжелее воспринималась населением, нежели предыдущая.
Абсолютным новшеством для псковичей стало введение торговых пошлин. Тем не менее, Василий позволил создать жителям Пскова земскую избу, в состав которой входило 24 старосты, им было предоставлено право участия в судебных делах и разрешено вести налогообложение населения. Старостами могли стать купцы или зажиточные ремесленники.Денежный двор до 1626 года оставался в Пскове, где продолжали чеканить монеты.
Путем большого количества княжеских реформ Псков стал частью Русского централизованного государства.