Амазонка протягом усього року полноводна. Двічі в рік рівень води в річці піднімається на значну висоту. Ці максимуми пов'язані з дощовими періодами північного і південного півкуль. Найбільший витрата на Амазонці буває після періоду дощів у південній півкулі (у травні) , коли основну масу води несуть її праві притоки. Річка виходить з берегів і в середньому протягом заливає величезну територію, створюючи своєрідне гігантське внутрішнє озеро. Рівень води піднімається на 12-15м, а в районі Манауса ширина річки може досягати 35 км. Потім настає період поступового зниження витрати води, річка входить в береги. Найменший рівень води в річці - в серпні і вересні, потім спостерігається другий максимум, пов'язаний з періодом літніх дощів північного півкулі. На Амазонці він проявляється з деяким запізненням, приблизно в листопаді. Листопадовий максимум значно поступається травневого. В нижній течії річки два максимуму поступово зливаються в один.
Від гирла до міста Манаус, Amazon доступна для великих суден. Суду з досить глибокою осадкою можуть проникати навіть до Икитоса (Перу) . Але в нижньому плині через припливів, великої кількості наносів і островів ускладнене судноплавство. Більш глибокий і доступний для океанських суден південний рукав - Пара, що має загальне гирлі річки Токантінс. На ньому стоїть великий океанський порт Бразилії - Белен. Але цей рукав Амазонки зараз пов'язаний з основним руслом тільки невеликими протоками. Амазонка з притоками являє собою систему водних шляхів сполучення загальною довжиною до 25 тис. км. Транспортне значення річки велика. Довгий час вона була єдиним шляхом, що зв'язує внутрішні частини Амазонської низовини з Атлантичним узбережжям.
Річки басейну Амазонки володіють великими запасами водної енергії. Багато притоки Амазонки при виході на низину перетинають круті краї Бразильського Гвіанського і нагір'їв, утворюючи великі водоспади. Але гідроресурси використовуються ці поки ще дуже слабко