Почвенно-растительные пояса хорошо выражены в юго-восточной части котловины по склонам Тескей-Ала-Тоо. Здесь в предгорьях до высоты 2100 м на каштановых и горночерноземных почвах развиты злаково-разнотравные степи и лугостепн. Выше до 3200 м тянется лесо-лугово-степной пояс с горнолуговыми и горнолесными почвами.
Распространены высокотравные лугостепи, разнотравно-злаковые луга, а по склонам, обращенным на север, — леса из тяньшанской ели с подлеском из жимолости, шиповника, барбариса, смородины, рябины и других. Близ верхней границы встречаются арчовые леса. На высоте 3200—3400 м расположен пояс субальпийских лугов, свыше 3400 м — альпийских лугов. Значительные площади занимает кобрезия, пятнами встречаются типчаковые степи. Снеговая линия проходит на высоте 3500—3700 м, выше — морены, скалы, снежники, ледники. Здесь кое-где встречаются небольшие альпийские лужайки.