Когда Ивану исполнилось три года, умер его отец, великий князь Василий III, а в восемь лет он потерял и мать, оставшись круглым сиротой на попечении бояр. Иван обладал на удивление быстрым и гибким умом, который, однако, вследствие обстоятельств его детства получил болезненное и искаженное развитие. В детстве Иван был марионеткой в руках княжеских и боярских клик Шуйских, Бельских и Глинских, которые делили в это время государственную власть. Бесконечная череда дворцовых интриг и заговоров, опутывавшая царя, невольно заставляла его держаться настороже, обостряла и без того развитый у него инстинкт самосохранения. Бояре заботились исключительно о выгодах своего клана, пренебрегая общегосударственными интересами. Именно в детские годы в его душе зародилась ненависть к боярам, которая во взрослые годы проявила себя жесткой позицией по отношению к этому классу.
В пору своей юности Иван вошел уже умственно зрелым человеком. Это раннее развитие умственных способностей в будущем царе отмечали все его современники. Речи Ивана, страстные, возбужденные, производившие впечатление искренности и всегда очень убедительно действовавшие на слушателей, возможно, представляют собой вышину русского ораторского искусства XVI века. Он был одним из самых образованных людей своего времени, обладал феноменальной памятью, богословской эрудицией.
Ивана воспитывали великие и гордые бояре на свою и на детей своих беду, стараясь угодить ему во всяком наслаждении.
Иван рос беспризорным, но зорким сиротой в обстановке придворных интриг, борьбы и насилия, проникавших в его детскую опочивальню даже ночью. Детство осталось в памяти Ивана как время обид и унижений, конкретную картину которых он лет через 20 дал в своих письмах к князю Курбскому. Особенно были ненавистны Иоанну князья Шуйские, захватившие власть после смерти великой княгини Елены. Устранены были князья Иван Федорович Овчина-Телепнев-Оболенский, пользовавшийся влиянием при Елене, сестра его, мамка Ивана, Челяднина, князь Иван Федорович Бельский, сведен с кафедры митрополит Даниил, противник переворота. Бесконтрольное распоряжение государственным достоянием, крайне невнимательное и оскорбительное отношение к маленьким великим князьям Ивану и Юрию характеризуют двухлетнее господство Шуйских.