[Веками мучившая людей мысль о необратимости каждой минуты пришла ему в голову именно сейчас ,ночью,в незнакомом доме],(откуда через несколько минут он уйдёт) и( куда никогда не вернётся).
[ ], (откуда ) и ( куда ). СПП с однородным подчинением придаточных определительных предложений. Однородные придаточные связаны одиночным союзом И, поэтому запятая между ними не ставится.