Родился 23 октября 1491 г. в замке Лойола. Испанский идальго (мелкий дворянин), Лойола с молодости посвятил себя военной службе, был офицером в армии Карла V, короля Испании и императора Священной Римской империи.
Едва уцелев после смертельного, как казалось, ранения, Игнатий оставил службу и принял постриг в монастыре францисканского ордена. В те годы католикам приходилось выдерживать натиск, с одной стороны, начавшейся Реформации, с другой — «людей Возрождения». И то и другое в равной степени угрожало прежней роли Церкви.
Выходцы из возрожденческой Флоренции — представители семейства Медичи на папском престоле привели дела в полный упадок, используя власть в личных политических и финансовых интересах и стремясь быть скорее светскими владыками Италии, чем главами Церкви. В этих условиях в 1534 г. Лойола, пламенно верующий католик, и шестеро его соратников приняли решение создать для спасения Церкви и восстановления престижа Рима Общество Иисуса. Члены организации с самого начала исходили из принципа «цель оправдывает средства» и были готовы на всё для борьбы с ересями и пороками.
По счастливому для Общества совпадению Папа Римский Климент VII (Джулио Медичи) умер в год его основания. Новый Папа Павел III в 1540 г. утвердил создание монашеского ордена Иисуса (иезуитов) во главе с Лойолой. Орден быстро превратился в мощную силу римского духовенства. На открывшемся в 1545 г. и заседавшем 20 лет Тридентском Вселенском соборе иезуиты выступили как самые горячие поборники консолидации Церкви. Благодаря решениям собора они получили контроль над церковным образованием и расширили своё влияние. Павел III предоставил ордену поистине безграничные полномочия в борьбе против ересей.
Лойола прославился не только как глава ордена, но и как видный католический богослов. Для иезуитов он разработал и теологически обосновал духовную практику сосредоточения и восприятия божественных энергий — явно под влиянием мистических доктрин восточной Церкви.
Умер 31 июля 1556 г. в Риме. В 1622 г. был причислен Римско-католической церковью к лику святых.