Многие организмы питаются ими. К примеру мальки рыб (их называют личинками, когда они только вылупляются из икринок) в первые дни жизни питаются микроорганизмами- инфузориями. А если мальки не смогут питаться, то не будет и взрослых особей
Но а принципе, они пропасть не могут, они будут там всегда. Я думаю жизнь в водоёме не остановится, вспомните аквариум, там нету микроорганизмов и всё живут, все здоровые