В русской историографии причинами восстания указывается то, что срок сыска беглых крестьян стал бессрочным, проявлялся чрезмерный феодальный гнет. Ещё одной причиной было усиление централизованной власти, введение соборного уложения 1649 г. Вполне возможно, что непосредственной причиной войны стало общее ослабление экономики страны в результате затяжной войны за Украину.
Увеличивается государственный налог. Начинается эпидемия моровой язвы, отголосок прошедшей ранее эпидемии чумы, и массовый голод.
Коротко главные причины:
Окончательное закрепощение крестьянства;
Рост налогов и повинностей социальных низов;
Стремление власти ограничить казачью вольницу;
Скопление бедного «голутвенного» казачества и беглого крестьянства на Дону.