В результате церковной реформы Петра I русская церковь, прежде довольно самостоятельная, стала в полную зависимость от государства. После смерти патриарха Адриана (1700) царь предписал не избирать нового патриарха, и российское духовенство потом не имело его до собора 1917. Вместо этого царём был назначен «местоблюститель патриаршего престола» – украинец Стефан Яворский.
Такое «неопределённое» положение дел сохранялось, пока в 1721 не была проведена окончательная реформа церковного управления, разработанная при деятельном участии Феофана Прокоповича. По этой церковной реформе Петра I патриаршество было окончательно упразднено и заменено «духовной коллегией» – Святейшим Синодом. Её членов не избирало духовенство, а назначал царь – церковь теперь уже и законодательно стала в полную зависимость от светской власти.
В 1701 земельные владения церкви были переданы в управление светского Монастырского приказа. После синодальной реформы 1721 их формально возвратили клиру, но так как последний теперь всецело подчинился государству, этот возврат не имел большого значения. Под строгий государственный контроль Петр I поставил и монастыри.