Корневая система растений, в частности плодовых деревьев - это их подземная часть, включающая корневую шейку, скелетные корни и обрастающие. Место перехода корня в стебель называется корневой шейкой, окраску она имеет переходную, цвет между наземной и подземной частью растения изменяется плавно. Иметь настоящую коневую шейку могут только деревья, которые выросли из семян, растения, размноженные путем черенкования или отводков, имеют ложную корневую шейку. При высадке саженцев плодовых деревьев следует помнить, что корневая шейка должна располагаться над поверхностью почвы.
В образовании скелетной структуры корня принимают участие первичный корень и все отходящие от него ответвления. Назначение скелетных корней - снабжение дерева питательными веществами в теплое время года и хранение запасов питательных веществ зимой. Также скелетные корни служат для укрепления растения в почве. Даваемая ними поросль - это естественный способ размножения растений.