Крокодилы занимают особое положение среди современных пресмыкающихся, будучи более близкими родственниками вымерших динозавров, которых пережили почти на 60 млн. лет, и современных птиц, чем других рептилий нашего времени. Ряд особенностей организации крокодилов, и в первую очередь совершенство нервной, кровеносной (в отличие от других рептилий, крокодилы обладают четырёхкамерным сердцем (как и млекопитающие). Правый и левый желудочки разделены между собой перегородкой. Таким образом, кровь крокодилов разделена на венозную и артериальную) и дыхательной систем, позволяет считать их наиболее высокоорганизованными из всех ныне живущих пресмыкающихся.
Мозг крокодилов и по своему строению приближается к более высокоорганизованному мозгу птиц. Органы чувств тоже весьма совершенны.
Для рептилии представители этого отряда весьма смышлённы. Например, известны случаи, когда крокодилы ударами хвоста сбивали с прибрежных деревьев птенцов. Более того, крокодил поддаётся примитивной дрессировке и способен узнавать своего хозяина и подплывать на зов. Самки крокодилов – самые заботливые матери среди рептилий, которым, вообще то, забота о своём потомстве несвойственна.
Крокодилы – единственные из современных рептилий способные издавать рычащие звуки.