Потому что Маяковский разочаровывался в нравственной силе религии. Антирелигиозный пафос в поэме был резко вызывающим, он отталкивал одних и притягивал других. Горького как раз "поразила в поэме богоборческая струя".
«Он цитировал стихи из "Облака в штанах" и говорил, что такого разговора с богом он никогда не читал...и что господу богу от Маяковского здорово влетело»
Я думал – ты всесильный божище,
а ты недоучка, крохотный божик.