Основний конфлікт в творі “Чайка Джонатан Лівінгстон” – це конфлікт між сірою масою людей (Зграя) та особистістю (Джонатан). Зграя вважає, що вони не здатні пізнати сенс життя, бо він недосяжний, вони кинуті у цей світ лише для того, щоб їсти та жити доти, доки вистачить сил. З цим категорично не згоден Джонатан, яким керує жага пізнання.
Ця книга є однією з найголовніших, тому що автор закликає читачів не йти за сірою масою, бути унікальною особистістю, пізнавати світ і сенс життя. Тільки тоді життя буде справді насиченим і кожен день буде не схожим на інший.