Ответ:
Двор в селе имел около десятины земли и лежал в низине , часть которой занимал широкий пруд.
Это сложноподчинённое предложение, в нём 2 грам. основы:
1) двор имел и лежал (Двор в селе имел около десятины земли и лежал в низине - это ГЛАВНОЕ предложение)
2) пруд занимал (часть которой занимал широкий пруд - это придаточное предложение)
По законам русского языка мы обязаны отделить запятой главное предложение от предложения придаточного.