Причиной бунта стало недовольство московских стрельцов результатами Азовских походов. Гарнизонная служба в разрушенном Азове, вдали от семей была для стрельцов непривычна и тяжела. Летом 1697 г. вместо ожидаемого и выслуженного возвращения в Москву четыре стоявших в Азове стрелецких полка были направлены нз литовскую границу. Новый поход для стрельцов был очень тяжелым - им приходилось тянуть по рекам суда - будары, из-за отсутствия лошадей по бездорожью тащить на себе пушки, стрельцам недоплачивали жалованье и кормовые деньги.
Стрельцы восстали и, выбрав себе новых командиров, двинулись домой. Было их немногим более 2 тыс. человек. Дойти восставшим полкам удалось лишь до Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря на р. Истра, в 55 км от Москвы. Здесь 18 июня 1698 г. их встретило 8-тысячное войско царских воевод боярина А.С. Шеина и генерала П. Гордона. Отказавшихся подчиниться стрельцов расстреляли из пушек, а разбежавшихся переловили и разослали по тюрьмам. Было повешено 130 стрельцов - "пущих заводчиков" этого бунта.
Царя Петра I в России в эти дни не было. С Великим посольством он находился за границей. Но, узнав о мятеже стрельцов, царь поспешил вернуться. Прибыв в Москву 25 августа, Петр сразу же начал новое следствие - "великий розыск". Свезенных из тюрем в село Преображенское стрельцов пытали, чтобы добиться от них признания в намерении погубить Петра и возвести на престол его сестру Софью. Царь самолично бил и жег узников, помогая известным московским палачам Терешке и Алешке. Затем начались казни, продолжавшиеся до февраля 1699 г. Погибли почти все принявшие участие в восстании служилые люди, не были казнены лишь стрельцы-малолетки - от 14 до 20 лет.