Лишайники состоят из генетически обособленных, но в то же время тесно связанных между собой физиологически организмов: гетеротрофного гриба и автотрофной (фототрофной) водоросли или цианобактерии (синезеленой водоросли). Их взаимоотношения достаточно сложны и определяются как симбиотические. Симбиотрофизм повлек за собой существенные изменения в метаболизме участников симбиоза, что привело к образованию новых форм талломов, отличающихся от свободноживущих видов грибов и водорослей. В талломах лишайников синтезируются специфические соединения - "лишайниковые вещества", которые свободноживущие грибы и водоросли не образуют. В связи с этим лишайники можно рассматривать и как симбиотрофную ассоциацию двух генетически обособленных организмов, и как лихенизированные грибы, то есть грибы, перешедшие к особому способу питания.