-Клітини прокаріотів на відміну від еукаріотів не мають ядра і багатьох органоїдів, тому в них по-різному організовано генетичний матеріал і структуру клітини.
-У клітин еукаріотів, на відміну від прокаріотів, цитоплазму поділено на відділи системою мембран.
-Більшість еукаріотів є багатоклітинними організмами з диференційованими клітинами, а прокаріоти – одноклітинні з недиференційованими клітинами. Диференціація клітин забезпечує більшу різноманітність їх форм, а за наявності у прокаріотів лише однієї клітини, диференціація неможлива.