Дыхательная система пресмыкающихся устроена сложнее, чем у земноводных. Пресмыкающиеся дышат только легкими, реберного типа.
Кровеносная система усложнилась. Два круга кровообращения. Большой и малый круги полностью не разделены, но степень их разобщения выше, чем у земноводных. Сохраняется две дуги аорты. Сердце трехкамерное. В желудочке развивается неполная перегородка. (у крокодила сердце четырехкамерное).