Has had и have had - это Present Perfect (настоящее совершенное)
Употребляется, когда речь идет о действии, которое завершено в настоящем времени (на момент повествования) и имеет какой-либо результат. Слова: ever, never, just, already (в знач. "уже" только в утвердительных предложениях), yet (в знач. "уже" в отриц. и вопрос. предл.)
Пример с "уже" для наглядности:
I have already done my homework. Я уже сделала домашнюю работу.
I haven't done my homework yet. Я еще не сделала домашнюю работу.
Have you done your homework yet? Ты уже сделала домашнюю работу?
Had had - это Past Perfect (прошедшее совершенное)
Употребляется, когда речь идет о действии, которое завершилось до определенного времени в прошлом.
I had done my homework before I went for a walk. Перед тем, как пойти гулять, я сделала домашнюю работу.
Действие, которое совершено раньше, будет в Past Perfect.
Надеюсь, хотя бы часть этого понятна.