Потом стакан остудят, отшлифуют, на цвет, на звон проверят, и тогда вы зачерпнёте воду ключевую, и будет он прозрачен, как вода.
Расставлены запятые верно, не хватает лишь одной: перед как вода, т. к. как вода - это сравнительный оборот.