Молекулы вещества притягиваются друг к другу. Почему же между ними существуют промежутки?...

Потому что молекулы - сложные образования из заряженных частиц (электронов и атомных ядер, иногда рассматриваемых как более крупные объекты - ионы) . Поэтому силы взаимодействия между молекулами тоже не просты и зависят от расстояния.