Фернан Магеллан родился в провинции провинция Траш уш Монтеш, Северная Португалия весной 1480 года. Он сын Педро Руи ди Магалаиша, мэра города и его супруги Алде ди Мескита. В семье также растет брат Диого ди Соуса и сестра Изабель.Родители Фернандо умерли в 1490 году. В возрасте 12 лет Фернан Магеллан становится пажем при дворе короля Иоанна II и королевы Элеонор в столице Лиссабона, куда за два года до него переехал его брат. Там, вместе со своим двоюродным братом, Франсиско Серано,Фернан Магеллан продолжил свое образование в области географии и астрономии. По мнению некоторых его биографов, возможно, он был учеником Мартина Бехейема. В 1496 году Фернан Магеллан получил звание оруженосца.В возрасте 20 лет, Фернан Магеллан впервые побывал на море. В 1505 году он был отправлен в Индию, чтобы содействовать Франциско ди Алмейда в создании военных и военно-морских баз вдоль морского пути. В этой поездке Фернан Магеллан впервые вступил в бой — когда местный правитель отказался платить налог, Алмейда завоевал мусульманский город Килва расположенный на месте современной Танзании.Следующая поездка Фернан Магеллан на восток была в 1506 году, когда он отправился к островам пряностей. В 1510 Фернан Магеллан получил чин капитана. Но после этого совершил путешествие на восток без разрешения, его отстранили от командования и Фернан Магеллан был вынужден вернуться в Португалию.В 1511 году Фернан Магеллан был направлен в Марокко, где он участвовал в битве Азамор (28 и 29 августа 1513) и был тяжело ранен в колено. Хотя Фернан Магеллан геройски сражался и даже получил несколько медалей, это его не спасло от обвинения в незаконной торговле с маврами. Между Фернаном Магелланом и Франциско ди Алмейда происходит конфликт, в результате которого Фернан Магеллан покидает свою должность без разрешения. Этот его самовольный проступок не остается без последствий и Алмейда отправляет о нем отчет в королевский суд. Некоторые из содержавшихся в нем обвинений были сняты, но Фернан Магеллан впал в немилость короля Мануэла I.Король сообщил ему, что после 15 мая 1514 Фернан Магеллан должен оставит свой пост. Фернан Магеллан официально изменил свое гражданство и предложил свои услуги испанской короне, изменив свое имя с «Fernão де Magalhães» — Фернан де Магеллан на «Fernando de Magallanes» — Фернандо-де-Магальянес, или Фернандо Магеллан.