Анатомия изучает строение органов и их систем организма, а физиология изучает функции, т.е. как работает система органов.
Например: анатомия изучает строение сердца, а физиология - как оно работает, под действием чего может сокращаться, перекачивать кровь, какое время затрачивается на сокращение предсердий, желудочков и т.д.