Все его усилия были направлены на реформирование немецкой церкви, но не на борьбу с дворянством и системой феодализма в целом. Реформатор опубликовал один за другим три памфлета, в которых смело изложил программу реформирования церкви – ее учения и организации. В первом из них, К христианскому дворянству немецкой нации об исправлении христианства, он призывал германский князей и государей реформировать германскую церковь, придав ей национальный характер и преобразовав ее в церковь, свободную от господства церковной иерархии, от суеверной внешней обрядности и от законов, допускающих монашескую жизнь, безбрачие священников и другие обычаи, в которых он видел извращение подлинно христианской традиции. В трактате О вавилонском пленении церкви Лютер обрушился на всю систему церковных таинств, в которой церковь рассматривалась как официальная и единственная посредница между Богом и человеческой душой. В третьем памфлете – О свободе христианина – он изложил свое основополагающее учение об оправдании только верой, которое стало краеугольным камнем в теологической системе протестантизма.