Многовековая борьба с маврами способствовала развитию среди народа Испании религиозного фанатизма, которым с успехом воспользовались водворившиеся здесь доминиканцы. Нехристиан, именно евреев и мавров, было много в местностях, отвоеванных от мавров христианскими королями Пиренейского полуострова. Мавры и усвоившие их образованность евреи являлись наиболее просвещенными, производительными и зажиточными элементами населения. Богатство их внушало зависть народу и представляло соблазн для правительства. Уже в конце XIV века масса евреев и мавров силою вынуждены были принять христианство, но многие и после того продолжали тайно исповедовать религию отцов.
В ХV веке Испания представляла наиболее благоприятные условия для развития инквизиции. Дело очищения Испании от еретиков и нехристиан стало быстро продвигаться вперед, особенно после 1492 года, когда Торквемаде (душа новой инквизиции в Испании, доминиканец) удалось добиться у католических королей изгнания из Испании всех евреев. Результаты истребительной деятельности испанской инквизиции при Торквемаде, в период от 1481 года до 1498 года, выражаются следующими цифрами: около 8.800 человек было сожжено на костре; 90.000 человек подверглось конфискации имущества и церковным наказаниям; кроме того, были сожжены изображения, в виде чучел или портретов, 6.500 человек, спасшихся от казни посредством бегства или смерти. В Кастилии инквизиция пользовалась популярностью среди фанатичной толпы, с удовольствием собиравшейся на аутодафе, а Торквемада до самой смерти встречал всеобщий почет. Но в Арагоне действия инквизиции неоднократно вызывала взрывы народного негодования; во время одного из них Педро Арбуэс, председатель инквизиционного суда в Сарагосе, не уступавший в жестокости Торквемаде, был убит в церкви, в 1485 г. Преемники Торквемады, Диего-Деса и особенно Хименес, архиепископ толедский и духовник Изабеллы (королевы Касилии) , закончили дело религиозного объединения Испании.
Несколько лет спустя после завоевания Гранады, мавры подверглись гонениям за веру, несмотря на обеспечение за ними религиозной свободы условиями капитуляционного договора 1492 года. В 1502 году им было предписано либо креститься, либо оставить Испанию. Часть мавров покинула родину, большинство крестилось; однако, крестившиеся мавры (мориски) не избавились от преследований и, наконец, были изгнаны из Испании Филиппом III, в 1609 году.
Изгнание евреев, мавров и морисков, составлявших более 3 миллионов населения, и притом самого образованного, трудолюбивого и богатого, повлекло за собою неисчислимые потери для испанского земледелия, промышленности и торговли, что не помешало Испании стать самой богатой страной, создать могучий флот и колонизировать большие просторы в Новом свете.