Способов несколько. Зависит от конкретного вида.
Самый простой и очевидный - по "годовым" кольцам на чешуе. Неплох для (например) карповых рыб. Плюс - не требуется губить рыбину. Не требуется микроскопа, достаточно обычного бинокуляра при небольшом увеличении.
Два других по определению посмертные - шлифовка отолитов и спилы первого луча в спинном плавнике. Спил луча спинного плавника хорош для пресноводных хищников - судака, окуня и т. д.
Много хитростей и особенностей, которые не втиснуть в 4 тыс. символов. Требуется определенный навык и сноровка, реактивы, инструмент, хороший микроскоп.