Эуариоты - это клетки, содержащие ядро, а у прокариотов оно отсутствует.
Эукариот ограничен от цитоплазмы ядерной мембраной, прокариот не имеет мембраны ограничивающей его от цитоплазмы.
Эукариот распологается в митохондриях, прокариот в плазмидах.
У эукариота имеются вторичные мембранные образования (аппарат Гольджи,митохондрии и др.), у прокариотов их нет.