Коцюбинський був і залишається одним з найоригінальніших українських прозаїків. Він знав дев'ять іноземних мов, серед яких грецька, кримськотатарська, циганський; одним з перших в українській літературі усвідомив потребу її реформування в напрямку сучасної європейської прози. Його творчість завжди була предметом суперечок літературних критиків. До цих пір деякі дослідники модернізму Коцюбинського обережно називають його імпресіоністом у літературі.
Коцюбинський почав пробувати свої сили в літературі рано, брався за поезію, переклади, нариси, але незабаром головним полем його письменницької діяльності, справжнім покликанням стає художня проза. З перших дослідів Коцюбинського-прозаїка до нас дійшли оповідання «Андрій Соловейко, або Вчення світло, а невчення тьма» (1884), «21-го грудня, на введення» (1885), «Дядько і тітка» (1885).
Друкуватися Коцюбинський почав у 1890 - львівський дитячий журнал «Дзвінок» опублікував його вірш «Наша хатка». У тому ж році побував у Львові, встановивши творчі контакти з місцевими літераторами та видавцями, зокрема Франком. Поїздка поклала початок постійному співробітництву Коцюбинського в західноукраїнських виданнях. На початку 1891 він їде в с. Лопатинці на Вінниччині, де поєднує роботу домашнього вчителя в родині місцевого службовця (бухгалтера цукрозаводу) з поглибленим вивченням життя села, народної мови, культури і розпочинає серйозну літературну роботу. Тільки за 1891 з-під його пера виходять оповідання «Харитя», «Ялинка», «П'ятизлотник», повість «На віру», віршована казка «Заздрісний брат». Твори привернули увагу літературної громадськості, засвідчили, що в українську прозу прийшов талановитий письменник.
На початку 1890-х рр. частина молодої української інтелігенції, захопленої ліберально-просвітницькими ідеями, утворює організацію «Братство тарасівців», з учасниками якої Коцюбинський деякий час підтримував зв'язок. Цей зв'язок відбилася на його творчості. У казці «Хо» (1894) Коцюбинський підносить значення ліберально-просвітительської діяльності.
Роки перебування Коцюбинського на урядовій службі в Молдавії і Криму дали життєвий матеріал для його творів «Для загального добра» (1895), «Посол чорного царя» (1897), «Відьма» (1898), «В путах шайтана» (1899), «Дорогою ціною» (1901), «На камені» (1902), «У грішний світ», «Під мінаретами» (1904). Одним із свідчень того, що Коцюбинський своїми творами молдавсько-кримського циклу виходив за межі локальних проблем, є те, що його повість «Для загального добра» була надрукована в перекладі російською мовою в журналі «Життя» (1899, кн. 12).
Багата творчими здобутками п'ятирічна служба у філоксерній комісії став періодом інтенсивного зростання письменника. Залишивши роботу в комісії, він після безуспішної спроби влаштуватися на роботу в Чернігові, де жила сім'я, їде до Житомира і займає різні посади в редакції місцевої газети «Волинь». На початку 1898 року Коцюбинський нарешті отримує роботу в чернігівському земстві.
Важливим моментом світоглядно-письменницької еволюції Коцюбинського було оповідання «Лялечка» (1901). У «Лялечці» Коцюбинський постає визначним майстром психологічного аналізу. Зосередження уваги на психологічних колізіях стає визначальною рисою його творчості.
Дещо осібно у творчості Коцюбинського стоять твори на теми з минулого українського народу - «На крилах пісні» (1895) і «Дорогою ціною» (1901). Їх об'єднує романтично-піднесена, героїчна тональність.
Новела «Цвіт яблуні» була в українській літературі новаторською за темою: піднімалася проблема ставлення письменника до дійсності, говорилося, що художник за будь-яких обставин не може забувати про свій цивільно-професійний обов'язок, повинен боліти чужим горем, як власним.
До теми «Кольори яблуні» Коцюбинський повертається не раз (цикл мініатюр «З глибини», вірш у прозі «Пам'ять душі», незавершене твір «Павутина», новели «Intermezzo» і «Сон»). Виражене у цих творах ідейно-мистецьке кредо декларується й у листі-відозві М. Коцюбинського і М. Чернявського 1903 до українських письменників. Подальший розвиток української літератури Коцюбинський бачив у розширенні її тематичних та ідейних обріїв, пошуку нових художніх форм.