Появление двуглавого орла связано с появлением с Софьей Палеололог, женой великого князя всея Руси Ивана 3. Она привезоа с собой стяг с изображением орла, который имел царские венцы. Иоан Великий принял за государственный герб-орел с опущенными крыльями и двумя коронами над головами. Двуглавый орел выражал преемственность царской власти московскими князьями из Рима и Византии, подтверждая идею Москвы - третьего Рима. 1497 год считается годом возникновения Государственного герба России.
Источник: Российская монархия: символика и атрибуты. А. В. Манько стр. 159.