Выделительная система амёбы представлена пищеварительной вакуолью, которая может подходит к клеточной мембране и открываться наружу, чтобы выбросить наружу в любом участке тела непереваренные остатки. Жидкость поступает в тело амёбы по тонким трубковидным каналам, путём. Сократительные вакуоли откачивают лишнюю воду из организма. Они со временем наполняются, а раз в 10 минут резко сокращаются, чтобы вытолкнуть воду наружу. Вакуоли возникают в любой части клетки.